巴尔干山主脉始于保加利亚与南斯拉夫交界的贝洛格拉齐克通道，止于黑海之滨的爱米内焦。巴尔干主脉明显受到了陡而长构造峭壁的制约，山脊除较小的差异外基本上是统一的，总体轮廓呈链条状，有许多地方向下凹陷形成了鞍状的通道。主脉还有两处为深谷切断，这就是风景如画的伊斯克河隘口和卢达卡姆奇亚隘口。

按照地理形态的特征，巴尔干山主脉可分为西、中、东三段，它们还可以分成若干独具特色的较小的部分。

巴尔于山西段稍微蜿蜒起伏，呈现出一个向东北方开口的弧形，过贝洛格拉齐克之后，狭窄而又细长的山脊猛然升高，或许来得有些太突然，一时无法反应过来。可是，一段山脉过后，山脊又向东南方向降低，佩罗特汉通道降为1420米。这条通路曾在历史上起过重要作用。在土耳其统治时期，经过这条路的长长的牛驮商队来往于洛姆港和索非亚之间。1923年9月起义领导人格奥尔基·季米特洛夫和瓦西科拉罗夫率兵从这条路上去贝尔科维塞和米哈伊洛夫格勒。在佩罗特汉和伊斯克隘口之间的西段巴尔干山明显地宽阔起来，山崖陡峭，险峰林立。相反，南面的山巅则逐渐地呈阶梯式下降，并在波诺尔山处形成了华关的喀斯特地形。再往北是弗拉查山，它的面积非常广阔，是高达1000至1200米的喀斯特化的侵蚀地面的遗迹，形成了典型的喀斯特景色，常常会遇到喀斯特溶崖、漩涡、漏斗和深渊。这里的岩洞非常有特色，最大、最吸引游客的是列德尼卡岩洞，洞口位于深凹的喀斯特洼地的底部，长达2公里，洞内非常清爽，如烈日炎炎喝下一口清泉一般凉遍全身。其特点正如它的名字来源一般，冬季冷空气人侵造成洞顶和洞底在春季和夏初还存留的冰冻。